1999-2012 | El siglo XXI

En la primera temporada tras el ascenso en Melilla, se logró mantener la categoría sin pasar excesivos apuros, gracias a una buena segunda vuelta. Tras dejar al club en la división de plata Diego Quiles abandonó la presidencia. En la temporada 2000-01, con Paco Borja de presidente, el equipo comenzó de manera extraordinaria, logrando un triunfo en casa ante el Salamanca en la primera jornada e imponiéndose al Real Betis a domicilio. Pero a partir de ahí todo fue cuesta abajo, y se tuvo que llegar a un final de auténtico infarto ante el Compostela.

En el dramático partido frente al conjunto gallego el Elche tenía que lograr un empate si quería mantener la categoría en detrimento del equipo norteño. Muy mal se pusieron las cosas con el cero a dos inicial del Compostela, que hacía presagiar lo peor. Pero el ilicitano Nano antes del descanso y Benja de fuerte cabezazo en la segunda mitad firmaron el necesario empate. El tanto del central de Bigastro dio la permanencia al equipo y la alegría a los 30.000 aficionados que hacían hervir el Martínez Valero. En la 2001-02 el Elche logró su mejor posición desde el último regreso a la Segunda División. El equipo, presidido primero por Andrés Alonso y después por Amador Poveda y dirigido por Julián Rubio, realizó una fantástica segunda vuelta, que le sirvió para alzarse con el quinto puesto, apurando las opciones de ascenso hasta la penúltima jornada. De memorables hay que calificar los encuentros ante el Atlético de Madrid en casa, con victoria por 5-1 para los franjiverdes; y ante el Real Oviedo en el Carlos Tartiere, donde el Elche cosechó un escandaloso 3-6 a su favor.

Las dos siguientes campañas vieron dos nuevos presidentes, Juan Serrano para la 2002-03 y Ramón Sánchez que entró en julio de 2003. En el plano deportivo el Elche no estuvo luchando por los puestos de honor, ni tuvo opciones serias de pelear por el ascenso. Pero, aunque el equipo estuvo más cerca de la zona baja, tampoco disputó las últimas jornadas con una alarmante necesidad de vencer para salvar la categoría. En la temporada 2004-05 con Josu Uribe en el banquillo se luchó por el ascenso en el primer tramo de campeonato, logrando permanecer varias jornadas en los puestos que daban acceso al salto de categoría. En la Copa del Rey el Martínez Valero vivió una noche mágica, apeando del torneo del KO al Deportivo. Pero en la segunda vuelta el equipo se deshinchó, y cayó en una mala racha que le privó de disputar el ascenso.

Para la siguiente campaña se recuperó el derbi con el Hércules. La afición del Elche alentó a los suyos con más de 20.000 espectadores en el Martínez Valero y una buena presencia de seguidores en el Rico Pérez de Alicante, los dos encuentros de rivalidad provincial terminaron en empate. Ante el Sporting de Gijón, en la última jornada, Nino disputó su último partido en el Martínez Valero tras casi una década luciendo la elástica franjiverde. A mitad de esta campaña asumió la presidencia José Sepulcre.

La temporada 2006-07 el Elche comenzó con Luis García en el banquillo, que fue sustituido a dos partidos para finalizar la primera vuelta por David Vidal. Los franjiverdes se resarcieron de un irregular comienzo con un gran segundo tramo de campeonato. La afición confió siempre en el equipo y disfrutó de grandes partidos, especialmente los de rivalidad regional, donde el Elche se impuso al Real Murcia en La Condomina, y al Castellón y Hércules tanto fuera de casa como en el Martínez Valero. En la temporada 2007-08 el Elche mantuvo el sueño del ascenso durante gran parte del campeonato. El equipo franjiverde se movió en los puestos altos de la liga BBVA, pero el tramo final del campeonato alejó al conjunto dirigido por David Vidal del salto a la máxima categoría. De todas formas la afición volvió a vibrar con su equipo y disfrutó de grandes partidos tanto en liga como en Copa, donde el Elche avanzó dos rondas y se midió en dieciseisavos al Real Betis, que a doble partido apeó a la escuadra ilicitana del torneo del KO.

Un mal inicio, dos puntos en los siete primeros partidos, hizo pensar en que la campaña 2008-09  iba a tener un desenlace fatídico, pero entonces el ex jugador Claudio Barragán ocupó el banquillo como primer entrenador. El equipo  salió rápidamente de la zona baja y se instaló en la parte media de la tabla sin pasar apuros en el tramo final del campeonato. Una campaña que sirvió para despedir a Fernando Niño, que se retiró del fútbol en el Elche, donde estuvo tres temporadas y media, caracterizadas por la profesionalidad y entrega. Tampoco tuvo buen comienzo la campaña 2009-10 lo que propició la destitución de Claudio Barragán en las primeras jornadas. José Bordalás asumió el mando de la nave franjiverde y desde su llegada al banquillo el Elche comenzó a ascender posiciones hasta el punto de luchar por el ascenso hasta las últimas jornadas de la competición. Finalmente no pudo ser y el equipo terminó sexto, pero dio grandes tardes de fútbol a la afición que incluso llenó el Martínez Valero para presenciar el encuentro ante el Villarreal B. El gran triunfador de la temporada fue el delantero Jorge Molina, que gracias a sus 26 goles dio al Elche su primer trofeo ‘Pichichi' en la categoría de plata.

En la temporada 2010-11 la ilusión volvió al estadio Martínez Valero. El equipo realizó una segunda vuelta brillante y logró clasificarse para el nuevo play-off de ascenso a Primera División. En la primera eliminatoria apeó al Valladolid tras caer 1-0 en el José Zorrilla y remontar (3-1) en el Martínez Valero ante un público entregado. En la eliminatoria final el equipo franjiverde se enfrentó al Granada. Los de Bordalás lucharon contra viento y marea pero el valor doble de los goles fuera de casa dio el ascenso al Granada tras empatar a cero en Los Cármenes e igualar a un gol en un abarrotado Martínez Valero. Destacar que esta campaña la afición franjiverde dijo adiós al que fue uno de sus ídolos en los últimos años, Willy Caballero, que fue traspasado al Málaga.

En la campaña 2011-12 el Elche C.F. volvió a seguir luchando por el ascenso a Primera División. El conjunto franjiverde cuajó un gran primer tramo del campeonato, siendo líder de la categoría durante el parón invernal. Pero una mala racha de resultados alejó a los ilicitanos de los puestos de honor, y en la jornada 33 José Bordalás fue destituido. El técnico valenciano César Ferrando le sustituyó en el banquillo, pero no logró el reto de clasificar al equipo para los puestos de promoción de ascenso. El Elche C.F. finalizó la Liga en undécima posición.